福建医科大学的全国排名会因不同机构和年份有所差异。2025年校友会版排名第187位；2024年软科版全国排名第145位，在2024软科中国医药类大学排名中位列第17名。

校友会排名：艾瑞深中国校友会大学排行榜显示，该校2025年全国排名第187位，2024年排第189位，2023年排第212位。软科排名：软科版大学排行榜中，福建医科大学2024年全国排名第145位，2023年排第142位，2022年排第162位；在2024软科中国医药类大学排名里位居第17名。US.News排名：US.News排名版大学排行榜表明，2023年该校全国排名第248位，2022年排第238位。高校排名受多种因素影响，如评价指标、数据来源、统计方法等。在参考排名时，还需结合学校学科优势、专业特色、师资力量等多方面进行综合考量。