上海儿童医保的报销流程如下：学生儿童住院治疗或进行特殊病种门诊治疗的，就医时由个人先交付预交金，发生的医疗费用由定点医疗机构记账。结算时，按规定应由大病医疗保险基金支付部分，由定点医疗机构与社会保险经办机构进行结算，其余医疗费用由个人与定点医疗机构进行结算。儿童医保参保人每人每年筹资标准100元，其中个人只需要缴费50元，政府补助50元。对享受低保待遇、特困救助待遇、优抚待遇、重度残疾的学生儿童，以及享受国家助学贷款的大中专院校学生各类群体，个人不缴费，由政府全额补助。
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