检查人乳头瘤病毒时所花费的费用与采取的检测方法有关，也与检测的亚型有关。同时还受到就诊医院的级别、性质、当地的经济消费水平等多种因素的影响。
一般来说，在三级甲等公立医院进行HPV病毒亚型分型检查时的费用，大概在500元左右。在二级人民医院进行HPV病毒检测时的费用大概在300-400元左右，检查的具体亚型会有所减少。
因HPV病毒感染主要与女性患有宫颈癌有关， 如果经检查后HPV病毒为阴性，则不需要再进一步检查。如果经检查后宫颈部位确实感染HPV病毒，还需要进一步做宫颈TCT检查，费用可能在200-300元左右。