医疗补助金的申请流程如下：
初审申报：
参保单位或参保个人需在每季度最后一个月15日以前，携带《医保手册》到初审医院的医保科领取并填写《特殊病种门诊申请表》。同时准备申报病种的相关病历资料及一张近期1寸免冠照片。选定一家定点医院和一家特殊病种门诊服务药店用于就医和购药。异地安置人员的特门申报需由单位医保专干或本人到本市本级特门初审鉴定医院医保科办理相关手续。医院初审：
初审医院收集申请人的相关资料后，组织医疗专家进行诊查并初步鉴定。专家评审：
市医疗保险处在每季季末组织本市城镇职工基本医疗保险专家委员会进行集中评审。专家委员会根据特门确认标准对申请人的申请进行逐个审定。领取《特殊病种门诊专用病历》：
经市专家委员会评审通过的申请人，在下个季度第一个5个工作日以后，携带《医保手册》到市医疗保险处领取《特殊病种门诊专用病历》。评审通过者从当月开始享受基本医疗保险特殊病种门诊待遇。评审未通过的申请人将收到未批准原因的书面告知，并将病历资料退回。特殊病种续办：
特殊病种门诊A、B类有效期为两年，C类有效期为一年。病情未愈且需要继续治疗的申请人，需办理续办手续。