支付宝用户可以按照以下流程在支付宝上缴纳农村合作医疗保险：
1、打开支付宝，在首页点击【城市服务】；
2、点击【社保】——【自然人缴纳社保费】；
3、如果是使用自己的支付宝账号缴纳，那么直接点击确定即可，如果是替他人缴纳，则先勾选“是否代缴”，并输入代缴人的姓名和身份证号码，再点击确定；
4、勾选“城乡居民基本医疗保险”，并点击确定；
5、点击【缴费】并付款即可。
最后要提醒一下大家的是，支付宝只对部分城市开放了这一缴费功能，还未向所有的城市开放这一缴费功能，所以如果在支付宝上没有找到缴费入口的话，就代表着支付宝暂时还没有在这一城市开放缴费功能。
拓展资料：
城乡居民医疗保险的作用如下，第一：城乡居民基本医疗保险对我们来说其实是一种福利政策。它是国家发起的，以确保我们的医疗。这是一项造福人民的工程，参保人可以从中得到很多好处。第二：当被保险人身体健康时，支付的保险费可用于救助其他患病的被保险人，充分体现了“一人患病，万家救助”的互惠互利精神。第三：城乡居民基本医疗保险有助于参保人脱贫。第四：城乡居民基本医疗保险门槛低，居民不分健康和年龄均可参加。第五：参加保险后，在患病或住院期间，符合条件的特殊疾病住院和门诊费用可享受医疗费用补偿，补偿金额大大超过个人支付的统筹费用。参加城乡居民医疗保险具有以下优势。城乡居民医疗保险是一项民生工程，涉及广大城乡居民的切身利益。