公务员的综合管理是指除行政执法类职位、专业技术类职位外，专门负责规划、咨询、决策、组织、指挥、协调、监督及机关内部管理等职责的职位。这类职位数量庞大，构成了公务员职位的主要部分。
决策职能方面，公务员管理机构作为国家、政府行政系统的一部分，主要负责制定具体规则和解释人事法规等。这类法规通常由国家立法系统制定或确认，政府首脑机关也会制定许多重要的法规。
执行职能上，公务员管理机构是管理人事行政业务的间接领导机构，依照法律、规则，具体处理公务员管理的日常事务。早期一些管理机构的职能较为简单。
监督职能是公务员管理机构的重要任务，包括监督公务员法规的执行情况，纠正执行偏差，惩罚违反法规的行为。监督形式多样，涉及管理机构内部、上下级管理机构、人事监察部门与其他部门之间。
协调职能是公务员事务管理的另一关键环节。公务员系统内部及与机关、个人之间的关系需要协调，这通常由综合管理机构和上级管理机构负责。协调旨在解决各职能部门之间及管理机构与公务员之间的矛盾。