根据国家税务局系统机构改革意见，辽宁省税务局对机关机构设置及各部门职责进行了明确，以提升工作效率和服务质量。
内设机构 办公室负责制定年度工作计划、文稿起草、文电管理、档案、会务、保密等工作，以及税收宣传和政务公开。
政策法规处负责依法行政、税收政策研究、执法监督、规范性文件审核等工作。
货物和劳务税处负责增值税、消费税等税种的征收管理工作，以及发票管理和税源管理。
直属机构稽查局 负责税务稽查、案件查处、举报处理及税收专项检查等工作。
事业单位 信息中心负责税收信息化建设和管理工作，包括信息技术体系和信息安全管理。
机关服务中心负责机关后勤事务的管理和服务，包括安全保卫、物业管理等。